Os quatro Commander Decks do conjunto Marvel Super Heroes sao Avengers Assemble, Wakanda Forever, Fantastic Four e Doom Prevails. Cada deck tem estrategias unicas baseadas nos personagens da Marvel.

O deck Avengers Assemble foca em um tema de equipe, com mecanicas que beneficiam varios aliados em campo. Herois como Capitao America, Homem de Ferro e Thor sao as cartas principais do baralho.

Wakanda Forever e um deck tribal de criaturas com sinergia entre personagens do universo Pantera Negra. O deck explora mecanicas de fichas e bonus por controlar varios guerrreiros de Wakanda.

Fantastic Four e o deck de grupo que recompensa o jogador por ter multiplos herois em jogo. O Quarteto Fantastico funciona como uma equipe coesa, com cada membro apoiando os demais.

Doom Prevails e o deck do vilao Doctor Doom, focado em controle e magicas poderosas. O deck permite que o jogador assuma o controle das magicas dos oponentes e vire o jogo a seu favor.